在整個純化流程中，實時監測每一步的純化效果至關重要。十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠電泳（SDS-PAGE）是較常用、較直觀的工具。它能在變性條件下根據分子量大小分離蛋白質，通過考馬斯亮藍或銀染染色，可以直觀地看到不同純化步驟后，目標蛋白條帶是否得到富集，雜質條帶是否被去除。Western Blotting可以進一步提高檢測的特異性，通過抗體識別來確認目標蛋白。然而，SDS-PAGE只能提供關于純度和分子量的信息，無法判斷蛋白質是否具有功能。因此，必須并行進行功能性檢測，即“活性分析”。這可以是酶促反應速率測定、配體結合實驗、或細胞活性檢測等。將比活性（單位質量蛋白質的活性）作為關鍵指標，可以客觀地評估純化步驟是否在提高純度的同時，有效地保持了蛋白質的生物學功能。純化后的蛋白可應用于結構解析和功能研究。廣西酶蛋白分離純化操作細節

樣本預處理是蛋白分離純化的首要步驟，直接影響后續純化效果。對于固體生物樣本如動植物組織，需先通過機械破碎（勻漿、研磨）或酶解（胰蛋白酶、溶菌酶）方式破壞細胞壁與細胞膜，釋放胞內蛋白。液體樣本如發酵液則需進行離心或過濾處理，去除細胞碎片、沉淀等固體雜質。預處理階段還需加入蛋白酶抑制劑（如PMSF、EDTA）防止目標蛋白降解，加入抗氧化劑（如DTT、β-巰基乙醇）維持蛋白活性構象，同時控制pH值與溫度在適宜范圍，避免蛋白變性。蛋白分離純化細分技術蛋白質的分離純化技術是分子生物學的重要組成部分。

混合模式層析的固定相配體設計為能夠同時通過兩種或多種不同的相互作用機制與蛋白質結合，例如靜電相互作用與疏水相互作用的結合，或氫鍵與π-π相互作用的結合。這種多重作用機制使得其選擇性不同于傳統的IEX或HIC，往往能分離用傳統方法難以分開的蛋白質。它可以在高鹽條件下結合帶電荷的蛋白質，這打破了傳統IEX的局限。羥基磷灰石層析是經典的混合模式層析，其同時存在Ca2?位點（與蛋白質的羧基作用，類似陽離子交換）和PO?3?位點（與蛋白質的氨基作用，并有氫鍵和金屬螯合作用）。混合模式層析為純化工藝開發提供了新的有力工具。

單克隆抗體的生產已經發展出高度成熟的平臺化純化工藝。其關鍵是蛋白質A親和層析。蛋白質A能高特異性、高親和力地結合大多數IgG的Fc區域，使得從細胞培養上清液中一步捕獲抗體達到極高的純度（>95%）。隨后，為了去除殘留的宿主細胞蛋白、DNA、聚合體、浸出的蛋白質A以及可能的內病毒，通常會跟進一個或多個“精純”步驟。典型的平臺工藝是：Protein A親和層析 -> 低pH滅活/病毒滅活 -> 陰離子交換層析（流穿模式，去除酸性雜質和DNA） -> 陽離子交換層析（結合-洗脫模式，精細去除聚合體和堿性雜質）。這個三步層析平臺被業界較廣采用，因其穩健、高效且易于進行工藝驗證。大規模生產中，蛋白純化需要兼顧效率和成本。

羥基磷灰石是一種磷酸鈣陶瓷，其層析機制兼具離子交換（與Ca2?位點作用）和金屬親和（與PO?3?位點作用）的特性。它對DNA有強烈的結合能力，并能根據蛋白質的表面電荷分布進行獨特模式的分離。在抗體純化中，HAC常被用于有效去除聚集體和殘留的宿主DNA與Protein A，是一種重要的精純手段。某些三嗪類染料，如Cibacron Blue F3G-A，其結構與NAD?等輔酶相似，因此能特異性結合許多需要核苷酸輔酶的酶（如脫氫酶、激酶）。將這類染料固定化到介質上制成的染料親和層析，提供了成本遠低于傳統生物配體的親和純化方案，雖然特異性可能稍遜，但在許多應用中已足夠有效。自動化蛋白分離純化設備提高了實驗效率和安全性。北京重組蛋白分離純化

離心分離法是蛋白分離純化中有效的初步分離手段。廣西酶蛋白分離純化操作細節

外泌體等細胞外囊泡的純化是當前研究熱點。由于其尺寸小、密度低，常用方法包括差速超速離心、密度梯度離心、尺寸排阻色譜以及基于特定膜蛋白的免疫親和捕獲。這些方法旨在從復雜的生物體液中分離出高純度的囊泡，同時保持其膜結構的完整性和生物活性，用于后續的功能與標志物研究。除了經典的組氨酸標簽，還存在多種其他親和標簽，如GST標簽、MBP標簽、FLAG標簽等。GST標簽可與固定化谷胱甘肽親和純化，且可能提高可溶性；MBP標簽是強大的增溶標簽；FLAG標簽則因其高特異性抗體可用于極溫和的洗脫。選擇標簽需綜合考慮對可溶性、活性、純化效率及后續應用的影響。廣西酶蛋白分離純化操作細節

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